اندرسون که یک برنامه نویس است متوجه شده که چیزی در دنیا درست نیست, او مدتی است که به دنبال رد پایی از شخصی به نام مورفیوس می گردد تا بتواند با او دیدار کند و برای سوالاتی که در ذهنش دارد جوابی پیدا کند! روزی این تماس از طریق دختری به نام ترینیتی صورت می گیرید و باعث می شود تا زندگی آقای اندرسون به طوری کامل تغییر پیدا و از دنیای ماتریکس بیدار شده تا دنیای واقعی را که سال ها از او مخفی شده بود را ببیند و…